Peña cuenta con una dilatada trayectoria profesional en la elite del fútbol español, que le ha llevado a disputar nueve temporadas y más de 250 partidos oficiales en la máxima categoría y en competiciones europeas, logrando incluso un título de la UEFA Europa League con la camiseta del Villarreal C.F. en el año 2021.

Sin embargo, en el recuerdo de todos los pepineros siempre estará su primera etapa en el Leganés, donde llegó en 2014 procedente del Guijuelo y se convirtió en uno de los héroes del primer ascenso del club a LALIGA EA SPORTS, protagonizando dos exitosas temporadas como blanquiazul en las que disputó 65 partidos marcando diez goles y repartiendo ocho asistencias, haciendo gala de su velocidad, polivalencia y calidad.

Tras su primera etapa en Butarque, Rubén Peña fichó por el Eibar para jugar en la máxima categoría, en la que ya había debutado años atrás con el Real Valladolid. En Ipurua disputó tres temporadas entre 2016 y 2019, con cerca de cien partidos en la elite.

Sus grandes prestaciones le valieron el salto al Villarreal C.F., siendo partícipe con el conjunto groguet de la consecución del histórico título de la Europa League en el curso 2020/21. En la siguiente campaña, el abulense pudo estrenarse en la Liga de Campeones, llegando nada menos que hasta las semifinales con el equipo villarrealense, que únicamente caería frente al Liverpool.

En las últimas tres temporadas, Peña ha formado parte del C.A. Osasuna, participando en 85 partidos oficiales con los rojillos y jugando, entre otros, una final de la Copa del Rey, la Supercopa de España o encuentros de la UEFA Conference League. Tras finalizar su etapa como rojillo, y con más de trescientos entorchados como profesional a sus espaldas, Rubén vuelve a Butarque, firmando hasta 2027.

2010-2012: Real Ávila
2012-2013: Real Valladolid 'B' / Real Valladolid
2013-2014: C.D. Guijuelo
2014-2016: C.D. Leganés
2016-2019: S.D. Eibar
2019-2022: Villarreal C.F.
2022-2025: C.A. Osasuna
2025-2026: C.D. Leganés